Действие Crysis 2 разворачивается в 2023 году, через 3 года после окончания событий первой части. Пришельцы захватили большую часть территории Земли и ведут на ней постоянные сражения с людьми. Крупнейшие города мира разрушены и опустошены. Воздушное пространство контролируется космическими кораблями, а в города для контроля запущены специальные зонды. Действие игры будет разворачиваться в разрушенном и опустошенном Нью-Йорке. Но, несмотря на опустошение, в городе будут обитать военные и некоторые выжившие. Ещё одной особенностью сюжета является введение третьей силы, которая будет враждебна как к игроку и его союзникам, так и к инопланетянам. Причём это будет не северокорейская армия. На данном этапе разработки игры эта фракция называется «Crynet Ops», однако в финальном релизе это название будет изменено.

Протагонист Crysis 2 в настоящее время точно не известен. Им может быть Джейк Данн с позывным именем Номад, протагонист первой части, или же майор Лоренс Бернс с позывным именем Пророк, один из главных персонажей первой части.

Разработчики заявляют, что Crysis 2 будет иметь более жесткую и убедительную сюжетную историю по сравнению с оригиналом. При этом несколько изменится сама подача сюжета. Его фрагменты игрок должен будет раскрывать самостоятельно путём исследования мира, разговора с NPC, прослушивания личных записей и т. д. Авторы заявляют, что серия Crysis станет полностью самодостаточной и очерченной вымышленной вселенной, со своей фоновой историей и множеством мелких деталей.

Нэйтан Камарилло, сотрудник Crytek, заявил, что разработчики не хотят, чтобы игрокам для понимания сюжета Crysis 2 необходимо было ознакомиться с Crysis. Вместе с тем Crysis 2 ответил на много сюжетных вопросов, нераскрытых в оригинале.

Значительному изменению подвергнется нанокостюм игрока. Режимы «сила» и «скорость», которые присутствовали в оригинале, будут объединены в новый — «мощь» (англ. Power). Второй режим — «проникновение» (англ. Infiltration) — станет пассивным и будет предоставлять расширенные по сравнению с оригиналом возможности стелса, включая опцию невидимости, которую нужно будет активировать дополнительно. Режим брони будет переработан.
Четвёртый режим — «тактический» — представляет собой полностью новый режим, не имеющий аналога ранее. В этом режиме игрок сможет собирать информацию на уровне, включая позиции и статусы врагов, нейтралов и союзников, а также целей и предметов. В этом режиме можно будет ставить метки на местности или предметах. Данный режим будет отображать информацию об увиденных на расстоянии мёртвых людях и пришельцах, об оружии, а также будет давать игроку подсказки, как действовать в той или иной ситуации.

HUD будет полностью изменён. Причём для каждого режима нанокостюма будет присутствовать свой особенный HUD.

Нанокостюм можно будет совершенствовать, усиливая его возможности и добавляя новые. В настоящий момент известно о таких апгрейдах, как режим рентгеновского зрения, способность рикошетить попадаемые в нанокостюм пули и трассирующие пули.
Ещё одной новой особенностью нанокостюма будет особенность переключения режимов. На короткое время после того, как игрок переключил нанокостюм из одного режима во второй, нанокостюм будет иметь свойства обоих режимов.