Игра начинается с ролика, в котором группа учёных во главе со сталкером куда-то тихо бредет. Но вдруг что-то произошло. Сначала псевдопсы побежали, а потом произошёл и Выброс. После ролика ы приходите в сознание, глава группировки "Чистое Небо" по имени Лебедев сообщил вам, что вы выжили после Выброса, его люди нашли вас на болотах. Все вас называют наёмником Шрамом. После разговора идите к бармену, он немного расскажет о группировке, а потом идите в штаб к Лебедеву. В ходе разговора он попросит вас о помощи — получите снаряжение у торговца Суслова и идите на форпост помогать отбиваться от мутантов.
Идите прямо, как вы помните, передвигаться нужно осторожно, кидая впереди себя болты, это нужно, чтобы не попасть на аномалию. Забравшись на вышку, вы получите сообщение о новом Выбросе, ваш напарник погибнет, а вот вы опять чудом спасётесь. Поговорите с Лебедевым. Он считает, что причина частых Выбросов в том, что кто-то проник в центр Зоны. Вы должны помочь предотвратить катастрофу. Но для начала нужно снять осаду бандитов с лагеря, а так как группировка "Чистое небо" не воюет, а изучает и воевать умеете только вы, то это и есть ваша работа. Идите к проводнику на болотах. Перед этим можете забрать у торговца флешку с информацией о тайнике.
На болотах вам просто нужно усилить присутствие группировки, как это сделать понятно, а вот где выбирайте сами. После выполнения этого задания выбивайте бандитов с фермы. Победив в неравном бою, идите и обезопасьте дороги на Кордон и Агропром. А потом с проводником отправляйтесь на Кордон.
Прямо перед вами военные, убегите от них. А потом идите к торговцу Сидоровичу, знакомому ещё по первой игре "Тени Чернобыля". За небольшое поручение он расскажет вам о сталкере, который интересовался деталями. Вам нужно принести ему кейс. Перед этим можете поговорить с Волком. Теперь приступайте к выполнению задания. Для начала идите и поговорите с Валерианом. Он за насыпью, предложит вам самим поговорить с заложником, с командиром военных, который знает где кейс, но не говорит - знает, что его не убьют. Он всё равно не скажет. Тогда идите, поговорите с лидером сталкеров, он предложит убрать подельников военного. Так и сделайте. После уничтожения двух групп военных вернитесь к заложнику. Он выдаст место тайника. Если после этого поговорите с ним, то он попросит у вас пистолет, за это он расскажет вам о местоположении своего тайника. Отнесите хабар Сидоровичу.
После этого отправляйтесь к диггерам — там вы узнаете, что искал сталкер по имени Клык. Придя на место, вы обнаружите трупы, прочитайте информацию из КПК диггера. Он отправил посланника к Клыку, идите и найдите посланника, помогите ему отбиться от псов. Он скажет вам, что Клык ушел в Тёмную долину. Двигаясь вперёд, вы попадёте на блокпост группировки "Свобода", делайте то, что вам скажут, а то вас либо пристрелят, либо вы не сможете выполнить задание. Сталкер скажет вам, что о Клыке знать могут только на их базе, идите туда. Там поговорите с Комендантом, он скажет, что для того, чтобы получить аудиенцию у их лидера, нужно поработать. Для начала избавьте их от страшного мутанта и вернитесь за дальнейшими указаниями. Он скажет вам отнести боеприпасы на форпост, но сначала возьмите сами патроны у торговца Ашота. Идите на форпост, когда вы доберётесь, то увидите, что никого нет в живых, принесите КПК с тела тамошнего командира Чехову.
Как выяснилось — Комендант предатель и сразу куда-то исчез. Принесите его КПК Чехову, за это он даст вам частоту КПК Клыка, по которой его можно выследить, в частности, сейчас он на Свалке. Да и ещё, выложите всё ценное, потому, что вместо Клыка вы найдёте бандитов, которые заберут всё. Можете так же потратить все деньги — их нельзя выложить и даже если вы выполните задание по возврату имущества, денег никто вам не вернёт. Итак, оклемались. Поднимите КПК Клыка, который он потерял. После этого на связь выйдет Лебедев и скажет отправляться на поиски тайника Клыка и компании. Заберите всё своё снаряжение у бандитов на юге Свалки и идите искать тайник.
Люк, ведущий в подземелье, всё равно закрыт, поэтому пробегитесь по дороге от Агропрома и найдите блокпост группировки "Долг", там поговорите с главным. Правда, в этом случае я воспользовался альтернативным способом разговора — перестрелял все, потому, что командир почему-то не говорил со мной. Идите на базу "Долга" и поговорите с лидером. Он скажет, что готов помочь спуститься, если вы поможете ему. Вам нужно затопить нору, для этого идите к сержанту Наливайко.
Не думая о грустном, спускаетесь в подземелье. Минуя огненные аномалии и избегая мутантов, идите направо до лестницы, ведущей наверх. В следующей комнате нужно уничтожить всех мутантов, собственно там он всего один, но и он со своим психическим воздействием попортит вам немало крови. Чтобы его уничтожить подберитесь к нему поближе, но так чтобы он вас заметил не сразу. Не ходите по мосту. Когда задание будет выполнено, идите в следующую комнату и поверните вентиль (этим вы затопите подземелья), а потом бегите со всех ног. По пути вы сможете наблюдать не обращающих на вас никакого вынимания мутантов, просто бегите.
Настало время найти тайник, он не изменил своего местоположения, по сравнению с предыдущей частью. Помните, что как и раньше в подземелье обосновались бандиты. В тайнике вы узнаете, что Стрелок и компания однажды прошли в центр Зоны и собираются повторить поход. Выбирайтесь из подземелья и поговорите с учёным Сахаровым на Янтаре.
Он сообщит, что Стрелок должен был протестировать устройство защиты от пси-излучения, но пропал. Чтобы найти его след, сначала добудьте документы у группы сталкеров, которые тоже пропали. Будьте осторожны, там водятся всякие пси-твари. С труп сталкера возьмите КПК и бегите обратно.
Эта информация оказалась крайне полезной, встретьтесь с отрядом Левши. После того, как вы поможете им перезапустить охлаждающую установку, Сахаров засечёт сигнал Стрелка - тот идёт в Рыжий лес, ступайте за ним.
Итак, Стрелок прямо перед вами, но не обольщайтесь, на пути засада, а пока вы с ней разбираетесь, Стрелок взорвёт тоннель и уйдёт. Чтобы пробраться за ним, нужно найти Лесника, а чтобы найти Лесника, нужно идти через лес, по пути вы найдёте труп, возьмите с него КПК и идите на его цель. Когда дойдёте до места, то нужно найти вход в аномальную зону над танком, просто залезьте в неё.
Оказавшись на месте, идите к Леснику. Он отправит вас на Милитари, чтобы принять сигнал от сталкеров из-под Лиманска - те попали в ловушку и ему (и вам) нужно знать всю информацию. Пройдите на соседнюю локацию и поговорите с командиром поста "Свободы", потом идите в деревню и пообщайтесь там с главным отряда наемников. Он скажет, где самый лучший приём — на водонапорной башне, но там кровососы, избавьтесь от них. Наверху вы примите сигнал от сталкеров, возвращайтесь к Леснику. Он отправит вас возвращать артефакт, похищенный бандитами — только он может помочь вернуться из аномалии. Теперь дело за малым, осталось передать сталкерам нужную информацию и они сами выйдут из аномалии по мосту, заодно его освободят от бандитов и опустят. Спросите у наёмников как лучше пробраться к военному передатчику. Он спросит у вас, как вы хотите действовать: в одиночку или с группировкой "Свобода", выбирайте, что вам угодно.
После того, как сталкеры благополучно выберутся, идите к мосту и прикройте огнём группу Лебедева. Поговорите с ним и полезайте на второй этаж вышки, прикрывайте бойца возле моста, не забывайте и о снайперах. После захвата моста с боем разведайте дорогу через Лиманск. Правда, по дороге придется повоевать. Чуть дальше обходите аномалии, возвращающие вас назад, последнюю обойдите через ржавый автобус. В конце концов, вам придется пройти сквозь строительную площадку — будьте аккуратны, там полно врагов.
После этого дорогу перекроет забор под током, отключите генератор и продвигайтесь в заброшенный госпиталь. Вот там то и будет жарко, делайте то, что вам говорит лидер сталкеров и останетесь в живых, спасёте ещё кучу жизней. Потом прибудут военные, но вам без разницы кто враг, главное сбейте вертолёт. Потом тихонько сваливайте (через двери на втором ярусе, они были до этого завалены). Так с боем прорывайтесь к катакомбам, собственно, вы сразу окажетесь около ЧАЭС.
Лебедев снабдит вас двумя новыми пушками, одной вы должны будете отключить пси-защиту Стрелка, ну а другой защищайтесь. Сначала немного попрыгайте по порталам, пока не найдёте удобное место (Лебедев вас оповестит).
Итак, когда вы обезвредите Стрелка, произойдёт прямо противоположное предположению Лебедева явление, аномальная активность не спадёт, а наоборот — произойдёт самый сильный Выброс, который изменит ВСЁ. В самый последний момент, в финальном ролике покажут старого знакомого, Меченого, главного героя первой части.
На этом прохождение игры окончено, как видите, в "Чистом Небе" всего одна концовка.
